前面几节我们已经介绍完了窦材学医、医人的过程，以及要出版这本书的原因。窦材的出世，像一声惊雷，更像是划破夜空的流星，他为当时已经走偏的医学痛心疾首，大声疾呼。从乱流中勇敢的站出来，革古今医人之大弊，拨乱反正，其精神值得我们所有人尊敬。如果说这是体现了窦材的大勇，那我们再来看看它的大智。从今天开始，我们就来了解窦材的医学理论。
他在医理部分的卷上，开篇第一句话就指出：谚云：“学医不知经络，开口动手便错。”这是一个非常严重的问题，现在的中医不要说明经络了，连承认经络真实存在的底气都没有了，这是非常可悲的事情。
“盖经络不明，无以识病证之根源，究阴阳之传变。”中医之所以没有疗效的根源正是在此了。中医是伟大的人天科学，是物质与非物质的互动指南，并不像西方医学一样，死死执迷在物质层面。而经络和经络中所运行的“气”、正是物质与非物质之间，非常重要的“中间环节”。西方科学说，检测不到古中医所说的“经络”，所以认为中医是不科学的、是落后的。国人也逐渐认可了这种观点，甚至大部分的中医医者也对“经络"心存疑虑，"为医不懂经络，开口动手便错啊”！这怎么能够治病救人呢？
我们《内经》说的“阳化气，阴成形”，气与血，生与死的变化关系，一句话描绘得清清楚楚明明白白。“阳气”正是我们人生命的源泉和动力。“阴血”则形成我们这个真实的“形体”。而这个“无形”的“经络”，正是无形的“气”的通道。如果不能够明了这个通道，又怎么能够明了这个“气机”的升降出入，强弱进退呢？
“如伤寒三阴三阳，皆有部署，百病十二经脉可定死生。既讲明其经络，然后用药径达其处，方能奏效。”比如说伤寒病，三条阴经，三条阳经都有传变更递。我们人之五脏六腑，由十二经互相之间联系，又与四肢百骸，肌肤皮毛相互关联，所以说是“百病十二经脉可定死生”。明白了经络的部署，气机的变化，自然就知道病根在哪？目前邪聚何处？可以向哪个方向解散？以及未来的变化如何？这时候再去用药，才能真正的解决问题。
“昔人望而知病者， 不过熟其经络故也。”他说以前的神医，看一眼就知道人有什么病？知道病根在哪里？明了将来会朝哪个方向发展？并不是人有什么所谓的“神通”，而是其人熟悉经络的缘故。
“俗传遇长桑居，授以怀中药，饮以上池之水，能洞见藏府，此虚言耳。”他说，传说那个神医扁鹊，遇到长桑君，而长桑君是位神仙，他给了扁鹊一包神药，又叫扁鹊用上池之水服下。之后扁鹊就有了神通，可以看见人的藏府，所以成了一代神医。窦材说这个故事是假的，扁鹊之所以成为神医，是因为他熟悉经络的缘故，并不是吃了什么神仙的仙丹。
“今人不明经络，止读药性病机，故无能别病所在。漫将药试，偶对稍愈，便尔居功，况亦未必全愈；若一不对，反生他病，此皆不知经络故也。”他说现在的人，不明白经络，不去学习和体会经络，只会死记硬背，记药性。比如说寒凉温热，又去背汤头、背药方，而根本就不知道病在哪里，所以就只好拿各种药各种方去试，叫做漫将药试。如果是偶尔瞎猫碰上了死耗子，稍微对上了，就开始居功，洋洋得意。更何况还未必全对，如果有一不对的话，反而让身体走向相反的方向，病情更加的严重和难以挽回。这些都是因为不懂经络的缘故啊！所以说，现在真正的“明医”，是很难得的。
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